在过去的十年中，高通量技术发现了许多新的转录单元，否则基于探针设计的转录组分析将其遗漏。在这些转录单元中有许多长非编码核糖核酸，它们是长于多个碱基的转录物，几乎没有蛋白质编码潜力氨基酸的开放阅读框。这些长非编码核糖核酸在细胞中很多，受到高度调节，并且比蛋白质编码基因更具细胞类型特异性。涉及的功能广谱和最近的研究表明它们在不同的疾病，如癌症的具体作用。胶质瘤是原发性恶性脑肿瘤的最常见形式，其起源于脑中的支持性神经胶质细胞，包括星形胶质细胞，少突胶质细胞和室管膜细胞。根据世卫组织评分系统，胶质瘤分为低级别和极具侵略性的高级别胶质瘤。神经胶质瘤包括继发性胶质母细胞瘤和原发性多形性胶质母细胞瘤。肿瘤的手术切除是胶质瘤，随后放射疗法和化学疗法的最常见的初始治疗，这可以增加存活到几个月启动子甲基化基因突变是胶质瘤存活的强预测因子。较低级别的胶质瘤比高级别胶质瘤具有更好的预后。尽管较低级别胶质瘤的预后好于肿瘤，但前一组患者在几年内接受了高度转化。广泛表达于中枢神经系统并且涉及相关的中枢神经系统发育。长非编码核糖核酸是大脑发育的关键长非编码核糖核酸之一。在确定神经命运中起着重要作用。许多失调已经与不同的中枢神经系统疾病有关。先前的研究已经表明，特定长非编码核糖核酸表达模式与不同的组织学亚型和级胶质瘤中也相关联。例如表达与神经胶质瘤恶性肿瘤高度相关。最近也发现是暗示他们在神经胶质瘤恶性肿瘤的作用预后意义和潜在的治疗靶点和生物标志物。揭示了基于长非编码核糖核酸表达的三种胶质瘤分子亚型，与患者的生存密切相关。此外对先前发表的微阵列数据的分析已经探索了基于长非编码核糖核酸的特征作为神经胶质瘤的预后标志物。
　　 许多研究强调了基因表达谱预测肿瘤分类，患者预后和肿瘤对治疗反应的能力。与正常个体往往起始组预测与生存有关预后标志差异表达的癌症患者的基因。这种策略存在假阴性和差异表达基因可能与生存差异无关。该方法的另一个限制是需要完美匹配的正常以鉴定差异表达的基因。这在脑癌的情况下产生了一个主要障碍，其中获得完美匹配的正常组织并非无足轻重。虽然高通量技术通过多变量数据分析促进了生物标志物的搜索，但在有意义的统计和生物信息方面仍然存在挑战。首先，大多数生物数据集都具有多重共线性：一个基因对其他基因表达的影响。其次有更多的特征而不是观察，这导致大多数现有的学习算法过度拟合，并导致模型在预测的不可见的测试数据集中表现不佳。从而从多维多变量基因表达数据中寻找基因作为预后特征需要更强大的方法。诸如套索脊和弹性网之类的回归模型是一些广泛使用的方法用于惩罚多重共线性的影响，并且当存在大量特征时非常适合于构建模型。在本研究中研究机构开发了基于长非编码核糖核酸的预后特征，结合回归和正规化来模拟胶质瘤患者的生存。这是第一项将和套索正则化结合起来选择能够预测胶质瘤患者生存的长非编码核糖核酸的研究。在控制与胶质瘤存活相关的协变量后，研究机构选择了几个来计算风险评分，成功地将患者划分为两个中的高风险和低风险组数据集。由这几个长非编码核糖核酸计算的风险评分是胶质瘤患者存活的独立且更好的预后标志物。中长非编码核糖核酸的内疚关联分析表明它们在抑制干扰素信号传导途径和上皮细胞向间充质细胞转变中的作用。除了用作生物标志物外，还需要对这些长非编码核糖核酸进行详细研究，以确定它们如何影响患者的预后。
　　 虽然已经鉴定了许多长非编码核糖核酸，但的功能注释非常少。因此研究机构应用内疚关联来推断与中存活相关的长非编码核糖核酸的功能。首先研究机构询问了与胶质瘤队列中的长非编码核糖核酸最相关的蛋白质编码基因本身是否可预测结果。中的所有长非编码核糖核酸与负系数相关。在与这几种长非编码核糖核酸最相关的几种中，几种也具有负的系数，相反在与这些长非编码核糖核酸最相关的几种中，几种具有正的系数，该结果与预期这些保护性长非编码核糖核酸的表达与保护性的表达正相关并且与有害的表达负相关的预期一致。从最上正蛋白质编码基因的分析预排名相关的长非编码核糖核酸显示与每个八个中。有趣的是，在与长非编码核糖核酸负相关的中，参与免疫和炎症反应的基因高度富集。类似地，参与上皮至间充质转换和细胞周期进展的基因也是最丰富的。这些基因集富集提示了与这几种长非编码核糖核酸相关的常规肿瘤抑制表型。研究机构发现和基因与中保护性长非编码核糖核酸的表达高度负相关。参与上皮至间充质转换并编码转录因子的细胞周期相关靶标并参与检查点的基因也与表达呈负相关。另一方面在癌基因活化时下调的基因与的保护性长非编码核糖核酸的表达正相关。由参与远缘基因活化的增强子表达。为了检查这些长非编码核糖核酸是否可能充当增强子，研究机构还检查了长非编码核糖核酸与其相关基因之间的距离，发现这些长非编码核糖核酸与位于基因组不同位置的几个基因相关，表明这些长非编码核糖核酸的转录调节。未来需要更多的实验研究来破译这些长非编码核糖核酸在调节这些基因中的作用以及该调节是否解释了长非编码核糖核酸对胶质瘤肿瘤进展的影响。
　　 为了研究这些长非编码核糖核酸中的体细胞突变是否可能解释模型的预后能力，研究机构使用来自癌症基因组图谱的体细胞变体调用可扩展的开放科学方法用于使用多基因组管道的突变调用肿瘤外显子组。基于该数据集，这些长非编码核糖核酸似乎在其他癌症中存在体细胞突变，但在低级别胶质瘤患者的几个长非编码核糖核酸中未发现体细胞突变。因此研究机构认为研究机构模型的预测能力是由于这些长非编码核糖核酸的表达差异而未获得这些长非编码核糖核酸中的体细胞突变。要查看拷贝数变异是否是驱动这几种长非编码核糖核酸表达差异的机制，研究机构测试了每个基因的拷贝数是否可以预测存活率。然后研究机构将基因的表达与拷贝数相关联。因此，拷贝数变异本身可以预测两种，但奇怪的是，对于第二种和表达水平之间没有相关性。因此不是表达差异的解释，也不是更好的预后预测因子。基因表达谱反映了疾病的潜在生物学过程。回归是一种广泛使用的解释基因表达谱与患者结果之间相关性的方法。之前对微阵列数据的分析探索了可以预测胶质瘤预后的蛋白质编码基因，尤其关注高级多形性胶质母细胞瘤。是一类的可作为更好的预后标志物比蛋白质编码的，因为它们是大量和细胞类型特异性的此外由于长非编码核糖核酸不编码蛋白质，它们是最终的效应物，它们的表达水平更准确地预测它们的活性水平。最近的研究已经检测到外来体，凋亡小体，和微粒突出考虑肿瘤的另一个优点肿瘤特异性，因为预期它们显示为不同的癌症诊断基于流体的标记物。在六个已发表的基于长非编码核糖核酸的神经胶质瘤预后信号中，有两个用于预测多形性胶质母细胞瘤的结果，另一个用于预测间变性胶质瘤。已经表明一组只有四个的可以预测在胶质瘤存活。然而一种长非编码核糖核酸的序列被上的提交者除去。最近，免疫相关基因在神经胶质瘤恶性肿瘤中的作用受到关注，导致免疫相关基础长非编码核糖核酸预后标志物的发现为个多形性胶质母细胞瘤和间变性胶质瘤。值得注意的是在上述研究中鉴定的预后性长非编码核糖核酸之间没有重叠。此外这些研究基于微阵列数据，提出了对基于杂交的方法特别关注的问题，包括依赖于表达基因的当前知识，交叉杂交的问题和交叉实验比较。另一个问题是有时使用回归将长非编码核糖核酸与存活率联系起来，而不控制任何因变量，也不会对大量变量的影响进行惩罚。
　　 在本研究中，研究机构使用一种方法从高维数据筛选，这是较低级别胶质瘤的最大和最新数据之一。研究机构应用正则化来惩罚许多因变量的影响，并根据项试验选择。研究机构在完全独立的中国胶质瘤患者队列中显示了几种基于长非编码核糖核酸的预测因子的稳健性。在本研究中鉴定的长非编码核糖核酸预后特征是神经胶质瘤患者存活的独立预测因子。由于也是比目前用于临床预后的少数患者和分子特征更好的预测因子，构成的保护性长非编码核糖核酸与参与干扰素和炎症反应的蛋白质编码基因负相关，突出了免疫应答基因在胶质瘤进展中的作用。其响应于干扰素响应，炎症反应和通过上调的基因而受到上调。这表明可能响应于肿瘤和免疫细胞分泌的细胞因子的主动免疫反应可预测胶质瘤的不良结果。已知途径在多形性胶质母细胞瘤中异常上调。是在多形性胶质母细胞瘤中组成型活性。还已知免疫相关途径参与胶质瘤肿瘤细胞增殖，存活，侵袭和化疗耐药。此外如果长非编码核糖核酸高，则上皮间质转化与侵袭相关和活性细胞增殖受到抑制，这导致更好的结果，与研究机构对入侵和细胞增殖如何对结果产生负面影响的理解一致。另一方面与表达正相关的基因富含通过致癌基因的活化而下调的基因。有报道称，相同的长非编码核糖核酸在多种肿瘤类型中以相同的方式预测结果，表达预测胶质瘤，黑色素瘤和前列腺癌，胃癌，肝癌，肾癌和肺癌的良好预后。相比之下表达预示着胶质瘤，头颈癌，肺癌，肾癌，肝癌和胰腺癌的预后不良研究机构尚未发表的研究。这些观察结果特别令人兴奋，因为它们暗示长非编码核糖核酸在肿瘤生物学中具有超越肿瘤类型的重要作用，并且这些应优先用于细胞和分子生物学研究以辨别其功能。因此探索的任何长非编码核糖核酸是否对其他肿瘤类型具有保护作用将是非常有趣的。最后，未来的研究将解决这些长非编码核糖核酸的结构变异，拷贝数变异和序列多态性是否有助于预后结果。研究机构很兴奋，也可以预测来自完全不同的肿瘤队列的结果来自患者群体，该患者群体来自完全不同的地理位置，伴随着环境和群体基因型的差异。看看是否同样预测来自世界其他地区的其他患者群体的结果将是有趣的。